Ya he terminado mis pruebas y todo OK.
Reinstale la imagen desde 0 inicializando y desmontando el usb antes de reinstalar de nuevo la 3.1.
Por lo que la primera prueba a sido instalando el multiboot en el HDD sin haber metido el usb todavía tras el flasheo y funcionando bien. Después meto el USB en el puerto trasero lo monto en las rutas que le digo (usb, usb1,usb2 y usb3) y reinicio y todo bien en su sitio.
La segunda prueba a sido desinstalando el multiboot del hdd y borrando las carpetas, e instalandolo ahora en la tercera particion del USB trasero /media/usb2. También todo OK.
Por ultimo meto otro usb en el delantero lo inicializo y lo monto en usb4 y a funcionar. El único problema que he tenido ha sido que en vez de usb4 marque sin querer usb3 (que es la 4ª partición del usb trasero) y después de reiniciar lo cambié a usb4. Ahora me da un pequeño problema con el trasero que lo tengo asi usb, usb1 , usb2 y usb2, las 2 ultimas particiones no me deja cambiarlas a cada una un numero si pongo el usb2, las 2 se crean asi y si le pongo usb3 idem, por lo que no puedo ponerlas como usb2 y usb3. Por lo demás todo bien.
Una cosa que he notado es que en los últimos días tenia muchas pixelaciones, hasta tal punto que no se podía ver prácticamente la tv y al reinstalar la 3.1 desaparecieron. Y conforme le he puesto los plugins y el multiboot han vuelto, no se si sera cosa de este ultimo pero lo probaré en otro hueco.