Como indica @Malavida.Primero reinicio de interfaz y luego reposo profundo. Así s supone que debe de guardar todo.
Asi tendria que funcionar, al reiniciar interface (GUI), los cambios/configuraciones que tiene en memoria, se guardan en los ficheros correspondientes (y funciona).
Cuando salvamos las configuraciones/ficheros, Enigma2 hereda un vicio de linux lo salva a memoria.
Si no salvas a fichero esos cambios, pues se pierde si reiniciamos el deco.
PD: Para curarte en salud, no olvides entrar en administracion de software y salva la configuracion tambien, ejecuta 2 veces (backup de la configuracion).
.