Un par de apuntes a partir de mi experiencia:
Por un lado, he comprado varios billetes de avión en compañías de bajo coste (Ryanair, Vueling, Clickair) y hasta la fecha sin problema. Con las reservas directas en webs de hoteles de confianza tampoco (NH, por ejemplo). Eso sí, también compramos un billete ida/vuelta Madrid-Santiago de Chile con AirMadrid y me hermano se quedó allí compuesto y sin compañía que lo trajese a casa. Al final localicé una oferta de última hora con Pluna (la aerolínea de bandera uruguaya) que lo trajo acá por cuatro perras, aunque tuve que pagar por transferencia a una oficina física y me mandaron a casa tarjetas de embarque de toda la vida. El billete de vuelta con AirMadrid lo hemos dejado por perdido (unos 350 lerus a la mierda).
Y por el otro, un truco: puedes buscar la oferta por internet e imprimirte la hoja, luego te pasas por tu agencia de confianza y la pides. Yo lo hice por última vez este verano pasado para irme a Cuba. Un viernes a media tarde encontre el folio con la oferta creo que en multiofertas.net, lo imprimí y luego bajé a toda leche a la agencia de la esquina. El colega de la agencia flipó porque el día anterior vendió el mismo paquete sensiblemente más caro a un cliente "de toda la vida" y ni él mismo había sido capaz de encontrar una oferta mejor que aquella. Así que llegué yo, la buscó él a través de su propia pantalla, la encontró y me dijo que acaba de salir esa mañana y se la compré. Y todo ok.
Saludos.
Por cierto, edito para añadir que edreams y compañía me parecen unos piratas, que te piden tus datos para ofrecerte ofertas inexistentes y luego te machacan con porquería vía e-mail. Sólo sirven como buscadores de líneas o enlaces aéreos y quizá para hoteles, cuando ya sabes qué compañías operan una determinada ruta te piras a la web de la propia compañía y pillas allí el billete más barato y con más confianza que a traves de ellos. Al menos yo lo veo así.