tsMuxeR

[ilander]

he encontrado este programa y un mkv que se cortaba lo he pasado a .ts y ahora lo puedo ver en el deco. además te permite quitar el audio que no usas.y no tarda mucho en hacerlo.
es fácil de encontrar en el google,por si alguien lo quier probar.
salu2

 

[tinos]

Ese es muy bueno, y también recomiendo el mkvmerge:
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/

A veces simplemente haciendo un demux y vuelta a mux con menos cosas o incluso lo mismo se corrigen errores como los que comentas. Muy util para quitar audios y subs que no se necesitan.

Downloads:
http://www.smlabs.net/tsMuxer/tsMuxeR_1.10.6.zip
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/win32/mkvtoolnix-unicode-2.8.0-setup.exe