para archivos ejecutables, normalmente y como minimo se dan atributos 755
para los archivos que son solo de configuración, para que se pueda leer y escribir en ellos se da atributos 644
pero ante la duda, como con 755 das mas permisos que con 644, mas vale que sobren permisos a que falten (aunque por seguridad de ejecuciones no deseadas no se aconseja, pero ese es otro tema, que para algo existen los tipos de permisos).
correcto,
los archivos binarios que arrancan programas, y los escript que inician o cierran las camd y los plugins, siempre 755 para que se puedan ejecutar. y los archivos que son solo para consultar datos y configuraciones (es decir leer y escribir nuevas configuraciones), archivos de imágenes gráficas, como por ejemplo *.bmp. *.jpg, etc., siempre 644