Os explico porque no se si está bien:
1. En la carpeta home/root no tengo nada
2. En media/hdd tengo una carpeta oculta llamada .kodi
3. En share/ tengo una carpeta llamada kodi
Cuando instalas kodi, si tienes una unidad montada como por ejemplo media/hdd ya se instala automaticamente la carpeta .kodi en /media/hdd, si no tienes ninguna unidad montada en el receptor, .kodi se instala en /home/root normalmente.
Los demas archivos que se instalan en la flash del receptor no se deben tocar.
Por lo tanto es que si cuando instalaste kodi tenias una unidad montada como /media/hdd, pues no entiendo ya tu primera pregunta, ya que cuando instalas un addons ya se instalaria en /media/hdd/.kodi