@cribriga . Abre el filezilla y vete a edicion - opciones. Luego escoges a la izquierda la pagina de edicion de archivos y en la parte derecha escoges Usar editor personalizado y debajo le das a examinar y buscas el ejecutable del notepad++.
Yo lo he mirado en la version que tengo en linux, supongo que en windows estara todo en el mismo sitio.