Todo eso esta mas que comentado.
Para grabar o ext o fat, si solo lo quieres usar para mkv le puedes poner en ntfs, o hacer dos particiones una para grabar en fat o ext y la otra en ntfs para meter mkv.
Yo te dirÃÂÂa que para grabar formatees en ext3, ya que yo tenÃÂÂa uno formateado en fat y no me grababa bien. Ahora lo tengo formateado en ext3 y funciona bien.