Igual si que se puede, pero creando un nuevo script con una nueva ruta para ejecutarlo y alguna opción mas al arrancarlo para decirle donde está la config pues sino los cogerÃÂa por defecto y te leerÃÂan los dos el mismo, seguro que con eso se puede, cambiandole el nombre al ejecutable, trucos de esos, lo que pasa es que si con uno ya va un poco jodido con dos debe de ser la ostia, haber si algún maestro lo confirma.
Saludos.