Si pones el pendrive cuando esta el deco encendido y te lo detecta y puedes ver lo que tienes dentro, es señal de que el puerto USB no esta jodido. Ahora bien, cuando el deco esta encendido, es el kernel y los drivers los que se encargan de la deteccion y de que funcione el pendrive. Cuando vas a hacer una actualizacion es el bootloader el que se encarga de cargar los pendrive y de que funcionen, por eso un pendrive que te funciona perfectamente con el deco encendido, puede que no te funcione para instalar una imagen. Con el bootloader cada deco es un mundo, unos soportan pendrives de mayor capacidad que otros, formatos, particiones, etc. Para no tener problemas lo mejor es usar pendrives de poca capacidad (yo uso pendrives de propaganda de 2Gb) y formateados en fat32.